Om de bloedafbraak te verminderen wordt bij veel PKD-patiënten de milt verwijderd, met name als die milt vergroot is en als ze veel last hebben van een laag Hb waardoor ze regelmatig bloedtransfusies nodig hebben. In de milt vindt namelijk de meeste afbraak van RBC’s plaats.

Sommige patiëntjes hebben alleen in hun eerste en tweede levensjaar heel veel last van PKD maar daarna duidelijk minder. Daarom kan de miltverwijdering beter niet op hele jonge leeftijd gebeuren, want je milt heb je niet voor niets. Zonder milt ben je veel gevoeliger voor bacteriën en bestaat er een hoger risico op het ontwikkelen van een bloedprop of trombose.

Voordat de milt wordt verwijderd moet je uitgebreid gevaccineerd worden en veel artsen willen dat patiënten gedurende twee jaar na de miltverwijdering elke dag antibiotica nemen. Bij jonge kinderen is dit zelfs nog langer.
Bij patiënten die ook nog galstenen ontwikkelen en daar veel last van hebben, wat veel voorkomt bij PKD-patiënten vanwege de enorme bloedafbraak, wordt vaak tegelijkertijd de galblaas verwijderd.